I 1880 besøgte den britiske jødemissionær Lord Radstock København og satte jødemission på dagsordenen. Året efter holdt den svenske jødemissionær Paulus Wolff en række møder i København, og en lille gruppe svenskfødte fruer blev grebet af sagen og startede en syforening. Her lavede de håndarbejder, som blev solgt til fordel for den svenske Israelsmission, der var blevet stiftet allerede i 1875.
Med tiden begyndte fruerne at invitere københavnske præster til at holde foredrag i foreningen, og i foråret 1885 stiftede man et egentligt missionsselskab. Den første formand blev den kendte professor i Det Gamle Testamente, Frants Buhl, og med i bestyrelsen var blandt andre også A. S. Poulsen, der senere blev formand og biskop i Viborg.
I de første fem år bestod arbejdet hovedsageligt i at samle penge ind til de missionærer, som søsterorganisationer i nabolandene havde udsendt, men i 1890 udsendte Israelsmissionen i Leipzig en tysk præst til Ivano-Frankivsk (Ukraine) på vegne af Den Danske Israelsmission. Året efter afløstes han af Theodor Zöckler, som gennem en menneskealder gjorde et utrætteligt arbejde for forældreløse børn og den evangeliske kirke i Østeuropa, nærmere bestemt området Galicien.
I 1890’erne ansatte man i København en messiansk jøde som missionær, og han holdt en del møder i hele landet. Enkelte jøder blev døbt i disse år.
I 1905 kunne man endelig udsende sine egne missionærer, og man knyttede sig i særlig grad til byen Przemysl i Galicien (i dag Polen). Fordi man nu havde egne missionærer, begyndte man også at udgive et blad og holde årsmøder.
Frants Buhl, Israelsmissionens første formand
Tre missionærer i Israelsmissionen fra ca. 1920. Fra venstre ses Aage Esbo, Philemon Petri og Abraham Scheradsky. De to sidste af jødisk fødsel.
I Przemysl boede der 18.000 jøder, og de fleste af dem var meget fattige. Arbejdet bestod derfor i uddeling af tøj og mad, men også i at tage sig af den protestantiske menighed i byen, som både havde brug for en præst og for at se på jødedommen med mildere øjne. Med tiden indrettede man også en læsestue, hvor jøder kunne læse dagens aviser, skønlitteratur på jiddisch og Det Nye Testamente.
Da Første Verdenskrig brød ud, måtte missionæren flygte til Danmark, og efter krigen var der stadig voldsomme konflikter mellem ukrainere og polakker i Galicien. Først i 1922 kunne man genoptage arbejdet i Prsemysl, men boligsituationen var så håbløs, at man flyttede til Lviv (Ukraine).
Her lykkedes det at etablere en lille jødekristen menighed, og læsestuen og de foredrag, man holdt dér, blev mere og mere populære, i takt med at antisemitismen steg op gennem 1930’erne. I 1939 var missionær Henry Rasmussen på sommerferie i Danmark, da Anden Verdenskrig brød ud, og efter krigen var der ikke mange jøder tilbage i Østeuropa. Først efter Murens fald i 1989 overvejede man for alvor at genoptage et arbejde i Østeuropa, men man havde ikke midlerne til det.
Den svensk-litauiske messianske jøde Efraim Petri blev ansat som missionær i 1902, og udover at komme i kontakt med mange københavnske jøder fortalte han også i hele landet om Israelsmissionens sag og virke. Senere ansatte man flere missionærer, og man havde også en håndfuld frivillige, der lagde mange timer i arbejdet. For eksempel var frk. Inge Hofman-Bang, en herregårdsdatter fra Nordfyn, der tilbragte vintrene i København, frivillig fra 1905 til sin død i 1970.
Tidligt begyndte man at holde julefester for de københavnske jøder, både børn og voksne, og det blev en stor succes. Venner af arbejdet havde sponsoreret rigelige mængder mad og gaver til alle, og i en tid, hvor mange jøder levede i stor fattigdom og ofte blev lagt for had, var det et særsyn.
Om sommeren inviterede man jødiske børn med på lejr. Første år var man i Nykøbing S., året efter i Maribo, men så indgik man en fast aftale på halvøen Glænø i nærheden af Skælskør. Her lejede man i flere år et alt for lille hus hele sommeren. Børnene havde tid til at lege, og man holdt bibeltimer og sang sammen. Senere købte man en villa uden for Roskilde og senere igen et gammelt kornmagasin ved Havnsø, som den dag i dag stadig hedder ”Glænø”.
Et par beretninger fra sommerlejrene kan hjælpe til at forstå, hvilke vilkår jøderne levede under i København: Mange af børnene skulle lære at spise med bestik, og det tog nogle dage, før de fandt ud af, at der faktisk var mad nok, så de ikke behøvede at proppe munden. Et år blev en dreng forskrækket over den lysende ting på himlen, som han aldrig havde set før – altså solen.
På kontoret i København holdt man både bibeltimer, bedemøder og foredrag, og i flere år havde man også en læsestue ligesom den i Galicien.
Under Anden Verdenskrig fortsatte man arbejdet så godt som muligt gennem foredrag og bladet. I oktober 1943 hjalp man mange jøder med at flygte til Sverige, og resten af krigen lå arbejdet i praksis stille. En af Israelsmissionens medarbejdere, Egon Johannesen, blev likvideret som hævn for et mislykket attentatforsøg på en lokal nazivenlig præst.
Israelsmissionens kontor i Sølvgade, København, ca. 1908
Julefest på Israelsmissionens kontor i København
Pastor Liepelt holder friluftsgudstjeneste i Algeriet
Sygeplejerske Else Christensen udsendt til Eben Ezer-hjemmet
Da krigen sluttede, var mange jøder rejst til Sydamerika. Man var ret langt i processen med at udsende et par missionærer til Uruguay, men det lykkedes ikke. Til gengæld tog man i 1951 et arbejde op i Algeriet, hvor der frem til borgerkrigen, der sluttede i 1964, boede mange jøder. Arbejdet i Algeriet bestod i at skabe kontakter, knytte venskabsbånd og holde gudstjenester. Enkelte jøder blev døbt, og man havde i praksis en lille jødekristen menighed.
Efter borgerkrigen i Algeriet flyttede man arbejdet til Nice, og her var man engageret frem til 1990. Arbejdsvilkårene i Nice var dog noget sværere, og med tiden overgik den udsendte missionær mere og mere til at være dansk præst i byen. En overgang havde man også en medarbejder i Paris til at arbejde blandt jødiske studerende. Disse prioriteringer viser noget meget vigtigt om Israelsmissionens selvforståelse. Det ”Israel”, der indgår i navnet, henviser nemlig til Israels folk, det jødiske folk, ikke til Israels land.
I 1951 tog man et arbejde op i Israel, der var blevet oprettet som stat tre år forinden. I første omgang udsendte man en lærer til den skotske skole i Jaffa, og i 1966 udsendte man en dansk præst til at arbejde blandt de mange unge, der boede i kibbutzerne.
Fra 1976 og indtil i dag har man haft en dansk præst i Jerusalem, der både fungerer som officiel dansk udlandspræst og som Israelsmissionens udsending. Arbejdet i Jerusalem har ofte været påvirket af konflikter og krige, men centrerer sig om regelmæssige gudstjenester, kontakt med lokale samarbejdspartnere og omsorg for de volontører, man siden 1990’erne har udsendt mange af.
I 1970’erne var man sammen med sin norske søsterorganisation med til at oprette Eben Ezer-hjemmet, et pleje- og alderdomshjem for messianske jøder i Haifa. Til det arbejde har man af tre omgange udsendt danske sygeplejersker og af flere omgange volontører. I Tel Aviv er man med i et nordisk samarbejde om Immanuelkirken, hvor der både holdes hebraiske og internationale gudstjenester. To gange har en dansk præst været udsendt til denne kirke.
Efter Anden Verdenskrig var Israelsmissionens økonomi flere gange alvorligt presset, og man måtte ofte skære hjemmearbejdet helt ind til benet. Helt fra stiftelsen havde arbejdet været organiseret i kredse, hvor man regelmæssigt samledes for at høre nyt fra de udsendte medarbejdere og bede for arbejdet. Omkring årtusindskiftet er der ikke nogen kredse tilbage, og man må gentænke hjemmearbejdets struktur.
I dag består Israelsmissionens hjemmearbejde for en stor dels vedkommende i at oplyse kirken om kristendommens jødiske rødder og skabe dialog mellem jøder og kristne. Desuden arbejder Israelsmissionen for at bekæmpe enhver form for antisemitisme.
I 1974 flyttede man kontoret fra København til Christiansfeld, og i 2012 rykkede man til Aarhus, hvor man stadig har til huse i en tilbygning til Menighedsfakultetet. På det seneste har man dog igen engageret sig i København, både gennem en dialogmedarbejder og gennem frivillige kræfter. Både i Aarhus og i København holder man regelmæssigt sabbatsmåltid, hvor både jøder, messianske jøder og kristne inviteres med, og i begge byer har man også bedegrupper.
I 1996 stiftedes Israelsmissionens Unge, som i dag sender volontører til både Israel og New York og har mange lokalforeninger.
Israelsmissionens nuværende lokaler ved Menighedsfakultetet, tilbygningen kaldes TORVET.